بعد از پیروزی شکوه مند انقلاب اسلامی ایران، در راستای اجرای سیاست گسترش دانشگاه‌ها، وزارت فرهنگ و آموزش عالی وقت، طی نامه‌ای در اردیبهشت ماه ۱۳۶۲، هیئت تخصصی پزشکی وزارت فرهنگ و آموزش عالی را به منطقه مازندران اعزام داشتند. این هیئت موافقت خود را با ایجاد نخستین مرکز علوم پزشکی شمال کشور اعلام نمود. مسئولیت تاسیس آن در سال 1362 به عهده جناب آقای دکتر خالق نژاد که در آن زمان استادیار رشته جراحی دانشگاه شیراز بودند، گذاشته شده و با حمایت های حضرت آیت الله هادی روحانی، به بابل منتقل شدند. جناب دکتر خالق نژاد، با حکم آقای دکتر ایرج فاضل، وزیر وقت مسئولیت راه اندازی دانشکده پزشکی را به عهده گرفتند. بعد از اتمام ساخت و ساز و فراهم کردن تجهیزات مورد نیاز آموزشی درمانی، سرانجام در بهمن ماه ۱۳۶۴، اولین دوره دانشجویان رشته پزشکی به تعداد 50 نفر از طریق آزمون سراسری پذیرش شده و با حضور وزیر فرهنگ و آموزش عالی وقت جناب آقای دکتر سید علیرضا مرندی، عملاً کار خود را آغاز نمود. با تصویب قانون تشکیل «وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی» و انتزاع دانشکده‌های گروه پزشکی از «وزارت فرهنگ و آموزش عالی» و الحاق به «وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی» سازمان مرکزی دانشگاه علوم پزشکی مازندران، در بابل استقرار یافت. همچنین دکتر خالق نژاد در سال 1364 علاوه بر مسئولیت راه اندازی دانشکده، به عنوان رئیس دانشگاه مازندران نیز برگزیده شدند. ایشان جناب آقای دکتر عسکری نورباران، متخصص جراحی عمومی را به عنوان اولین رئیس دانشکده پزشکی منصوب نمودند. پس از گذشت چند سالی، سازمان مرکزی، به ساری، مرکز استان مازندران انتقال یافت. این امر باعث گردید تا در سال ۱۳۷۰، دانشگاه علوم پزشکی بابل، به طور مستقل شروع به کار نماید.
دانشکده پزشکی بابل که در سال 1362 تاسیس شده بود، در حال حاضر با داشتن 225عضو هیات علمی رشته های بالینی و علوم پایه، به بیش از 700 نفر دانشجویان رشته پزشکی عمومی، آموزش های لازم را ارائه می کنند. همچنین این دانشکده دارای 15رشته دستیاری تخصصی پزشکی (با 276نفر دانشجو)، 6 رشته در مقطع دکتری تخصصی (PhD) (با 26 نفر دانشجو) و 15رشته کارشناسی ارشد (با 310 نفر دانشجو) می باشد.
بيمارستان ها و مراكز آموزشي درماني اين دانشكده شامل آيت الله روحاني با 510 تخت آموزشي، شهيد بهشتي با 217 تخت آموزشي، شهيد يحيي نژاد با 220 تخت آموزشي، كودكان اميركلا با 144 تخت آموزشي، مركز پرتودرماني شهيد رجايي با 40 تخت آموزشي و مركز باروری و ناباروری حضرت فاطمه الزهرا (س)، با 35 تخت آموزشي مي باشند.
گروه هاي علوم پايه شامل: علوم تشريحی، فيزيولوژي، بیوتکنولوژی پزشکی، فارماكولوژي، آمار زیستی و اپیدمیولوژی، پزشکی اجتماعی، بيوشيمي بالینی، بيوفيزيك (فیزیک پزشکی، رادیوبیولوژی، حفاظت پرتوی)، قارچ شناسي و انگل شناسي، ايمني شناسي، ژنتیک، ميكروب شناسي، پزشكي اجتماعي، آموزش عمومی، معارف اسلامی و زبان انگلیسی مي باشد. همچنین گروه هاي باليني شامل: پاتولوژي، راديولوژي، داخلي، بيماريهاي چشم، گوش و حلق و بيني، قلب و عروق، جراحي عمومي، پوست، ارتوپدي، ارولوژي، جراحي مغز و اعصاب، بيهوشي، عفوني، اطفال، زنان و زايمان، روانپزشكي، رادیوتراپی و نورولوژی مي باشد.