معاونت آموزشی علوم پایه و تحصیلات تکمیلی دانشکده پزشکی بابل با هدف ایجاد محیطی علمی و مطلوب جهت اعضاء هیات علمی و دانشجویان مقطع علوم پایه و نیز دانشجویان مقاطع مختلف تحصیلات تکمیلی (کارشناسی ارشد، دکترای تخصصی) بمنظور ارتقاء سطح علمی خود در حال انجام فعالیت های محوله است. این معاونت کلیه امور آموزشی اعم از برنامه ریزی آموزشی (برای دانشجویان پزشکی تا پایان دوره علوم پایه)، انتخاب واحد، پیگیری ثبت نمرات، ثبت دروس و امور مربوط به فارغ التحصیلی دانشجویان رشته پزشکی و تحصیلات تکمیلی رشته های مختلف را بر عهده دارد. همچنین تشکیل و اداره نمودن جلسات شورای آموزشی علوم پایه و شورای تحصیلات تکمیلی دانشکده بر عهده این معاونت می باشد.