بیمارستان فوق تخصصی کودکان امیرکلا در سال 1341 شمسی در زمینی به مساحت 10,000 متر مربع با زیربنای حدود 7,000 متر مربع شامل: بخش های درمانی، اداری و تأسیسات، توسط فردی خیرخواه و نیک اندیش بنام مرحوم حاج محمدصادق شفیع زاده احداث و به جمعیت هلال احمر بابل واگذار گردید. این بیمارستان امدادی در اوائل سال 1342 فعالیت درمانی خود را با 36 تخت جراحی و با دو بخش اورژانس و اتاق عمل همراه با تجهیزات و امکانات مناسب آغاز نمود. تعداد اعمال جراحی الکتیو ماهانه آن در حدود 60 عمل جراحی و اعمال جراحی اورژانس و تصادفات آن ماهانه قریب 7 عمل جراحی بوده که این روند تا سال 1357 همچنان ادامه داشته است. از آن سال به بعد همچنان بخش ها و ساختمان های جدیدی به بیمارستان اضافه شد و در حال حاضر بیمارستان کودکان امیرکلا با 144 تخت مصوب به بیماران خدمت رسانی می کند. این مرکز علاوه بر درمان بیماران مراجعه کننده به عنوان یک پایگاه تحقیقات آموزش پزشکی و یک مرکز تعلیم و تربیت دانشجویان و دانشجویان رشته های پزشکی در سطح تخصصی و فوق تخصصی می باشد و همه ساله تعداد زیادی از دانشجویان پزشکی و پیراپزشکی و رشته های وابسته و دستیاران تخصصی و فوق تخصصی تحت نظر اعضای هیأت علمی و رؤسای بخش های مختلف این بیمارستان تحت آموزش های علوم بالینی قرار می گیرند. پوشش درمانی این بیمارستان نیز بسیار وسیع می باشد درمانگاه‏ها و بخش اورژانس در مجتمع درمانگاهی این بیمارستان قرار دارد که بصورت شبانه روزی با حضور پزشکان متخصص و فوق تخصص رشته های مختلف کودکان و جراحی در ارائه خدمات درمانی به مراجعین فعال است. مجتمع درمانگاهی (پلی کلینیک) بیمارستان دارای درمانگاه های فوق تخصصی کودکان بدین شرح می باشد: نوزادان، گوارش، نفرولوژی، ایمونولوژی و آلرژی، خون و انکولوژی، غدد و متابولیسم، اعصاب، عفونی، قلب، ریه، جراحی کودکان، گفتاردرمانی، شنوایی شناسی، فیزیوتراپی، درمانگاه تالاسمی، آزمایشگاه، رادیولوژی و سونوگرافی، اسپیرومتری، اکوکاردیوگرافی، نوار مغز و شامل واحدهای اطلاعات سلامت، اسناد پزشکی، کارشناسی امور بیمه گری و مددکاری اجتماعی که وظیفه خدمات حمایتی و اداری بیماران به عهده این واحدها می باشد. در این بیمارستان واحدها و بخش هایی دیگری نظیر آندوسکوپی دستگاه گوارش، پیوند مغزاستخوان، دیالیز، واحد CPR در اورژانس، بخش مراقبت ویژه نوزادان (NICU) و کودکان (PICU)، ژنتیک و همچنین مرکز تحقیقات بیماریهای غیر واگیر کودکان (جهت انجام کارهای پژوهشی)، سالن کنفرانس، کتابخانه و اتاق مطالعه، دفتر مجله کاسپین کودکان (CJP) نیز ارائه خدمت می نمایند.